Una idea que se me ocurre (aunque no pueda probar en este momento), sería usar el componente WebBrowser y cargar tu HTML usando ese componente. A partir de ahí ya es fácil, pues desde ese componente puedes obtener el contenido de la página (o de un campo que desees) y con el mismo VB.NET manejar los archivos.
Prueba y nos cuentas como te fue.
Más información sobre cómo usar el WebBrowser:
http://www.elguille.info/colabora/pu...nvbnet2003.htm