claro q si se pude hacer eso, solo tienes q guardarla en un string y depues concatenarlo al primer select, aqui te doy un ejemplo aunque no creo que arregle tu problema
Código PHP:
String selectInterno="select....";
y luego se lo concatenas a tu select principal, puedes guardarlo en otra variable, asi:
Código PHP:
selectPrincipal="select..... not in(";
selectPrincipal.concat(selectInterno).concat(")order by empresa");
o directamente en la cadena
Código PHP:
"select..... not in(".concat(selectInterno).concat(")order by empresa");
ahora yo te aconsejaria q le pongas un breakpoint en la linea en donde se arma todo el select y cuando tengas la consulta la ejecutes directamente en la BD a ver q pasa, si no funciona nos dices para ver si te podemos ayudar mas, saludos