Es que si te fijas, cada vez que se encuentra un campo vacío, el contador vuelve a 0, lo cual no es lo que se desea.
Sugerencia: coloca el contador a 0 antes de entrar en el bucle for, después en el if lo incrementas:
Código javascript
:
Ver originalif (ene.value != "")
{
// Aquí incrementa el contador
}