Pienso que lo mejor es tratar de limpiar el sistema desde la misma máquina, los programas antivirus y/o antispywares no tocan archivos personales, salvo la infección ya haya dañado esos archivos.
Mi recomendación sería que limpies el sistema desde la misma máquina, para ello podrías empezar con
estos pasos y si se complica mucho la cosa podrías salvar la información y realizar un formateo limpio.