solo tendrías que decirle al programa de descargas, imagino alguno P2P, que la nueva ubicación de descarga (temporalmente) esta en C:, por lo demás al formatear perderías todo la informacion en D: pero no afectaría en nada a los programas que tengas instalados en C:, incluso podrías instalar un segundo SO en D: sin afectar los archivos de C:
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