Este es un ejemplo más sencillo que en firefox sí que me funciona. Revisandolo mejor ahora veo que el problema no deben ser las rutas... ¡#$%&! ¡Solo me queda eso! ¿Qué será?
 
Gracias por tu ayuda JavierB  
 Código HTML:
 [<html>
<head>
<title>Pruebas enlaces de colores</title>
<script src="contenido.js" type="text/javascript"></script>
</head>
<body>
<div>
<a href="javascript:CambiarImagen(primer);"><img name="primer" src="primer_n.png" width="100" height="40" border="0"></a>
<a href="javascript:CambiarImagen(segun);"><img name="segun" src="segun_n.png" width="100" height="40" border="0"></a>
<a href="javascript:CambiarImagen(tercer);"><img name="tercer" src="tercer_n.png" width="100" height="40" border="0"></a>
</div>
</body>
</html> 
  Código PHP:
    // JavaScript Document
 
var activo = "vacio";
var primer_usado = false;
var segun_usado = false;
var tercer_usado = false;
primer_a = new Image(100, 40);
primer_a.src = "primer_a.png";
segun_a = new Image(100, 40);
segun_a.src = "segun_a.png";
tercer_a = new Image(100, 40);
tercer_a.src = "tercer_a.png";
primer_r = new Image(100, 40);
primer_r.src = "primer_r.png";
segun_r = new Image(100, 40);
segun_r.src = "segun_r.png";
tercer_r = new Image(100, 40);
tercer_r.src = "tercer_r.png";
 
function CambiarImagen(nombre){
    activo = nombre;
    if (activo == primer){
        document.primer.src = primer_a.src;
        primer_usado = true;
        if (segun_usado == true){
            document.segun.src = segun_r.src;
        }
        if (tercer_usado == true){
            document.tercer.src = tercer_r.src;
        }
    }
    
    if (activo == segun){
        document.segun.src = segun_a.src;
        segun_usado = true
        if (primer_usado == true){
            document.primer.src = primer_r.src;
        }
        if (tercer_usado == true){
            document.tercer.src = tercer_r.src;
        }
    }
    
    if (activo == tercer){
        document.tercer.src = tercer_a.src;
        tercer_usado = true;
        if (primer_usado == true){
            document.primer.src = primer_r.src;
        }
        if (segun_usado == true){
            document.segun.src = segun_r.src;
        }
    }
    
    if (activo != primer, segun, tercer){
        if (nombre == primer){
            document.primer.src = primer_a.src;
            primer_usado = true;
        }
        if (nombre == segun){
            document.segun.src = segun_a.src;
            segun_usado = true;
        }
        if (nombre == tercer){
            document.tercer.src = tercer_a.src;
            tercer_usado = true;
        }
    }
}