Lo mas habitual y recomendable, ellos mismos lo dicen, cuando usas Hibernate es usar un DataSource externo a Hibernate, ya que la gestion de conexiones que hacen ellos es bastante tosca.
Pero bueno, si en tu caso tener DataSources no es factible, igualmente puedes configurar el motor de Hibernate desde código sin necesidad de crear un fichero XML y hacerselo leer despues:
Configuración por programa de Hibernate:
http://www.hibernate.org/hib_docs/v3...n-programmatic
S!