Hola Paxman,
Bueno tendrías varias opciones, pero en terminos generales tendrás q trabajar con archivos o ficheros y luego mandar dichas intrucciones al query indicado
Una manera sería con fopen
Código PHP:
$Fichero = fopen("fichero_prueba.txt","w");
Y otra con file
Código PHP:
$lines = file('nombres.txt');
foreach ($lines as $line_num => $line) {
$datos = explode(",", $line);
Algo así.