Así funciona:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<div id="t"></div>
<script>
function continuar(n){alert(n);}
var nombre='Pepe';
var cambio="Ya estás identificado en el script " + nombre + "... <strong><a onclick='continuar(nombre)'>Continuar</a></strong>";
document.getElementById('t').innerHTML=cambio;
</script>
</body>
</html>