Datepicker con 2 input

[eall]

podrías usar el onSelect que trae el plugin e indicarle una función que verifique lo que tu quieres hacer.

Código javascript:

("#txtFechaIni").datepick({onSelect: function(value, date, inst){
if  (!($(this).val()=="")){
    var dia=1000*60*60*24;  //numero de milisegundos de un día.
    var ff = $(this).val().split("-");  //depende del formato sera el separador que utilices
    termino = new Date(ff[2],ff[1],ff[0]);
    ff = $("#txtFecIni").val().split("-");
    inicio = new Date(ff[2],ff[1],ff[0]);
    if (!((termino.getTime()/dia > inicio.getTime()/dia) )){
        alert("Fecha de termino debe ser superior a la fecha de inicio");
        $(this).val("");
        $(this).focus();
    }
}
}});
 

la documentación está aca http://keith-wood.name/datepickRef.html#onSelect

espero te sirva.

Exito.