Veamos...
no le veo problemas en hacer lo que actualmente hacés, salvo por el del límite en el largo de las variables a pasar por URL.
Pero veo que sólo estás separando registros según deduzco de esto:
Cita: Lo que actualmente hago es escribir esa matriz en una cadena string enorme delimitando las filas por algun caracter especial...
y los campos no los estás delimitando?
Si el tema del largo no te afecta, algo así debería servirte a manera de ejemplo:
<%option explicit%>
<a href="<% = Request.ServerVariables("SCRIPT_NAME") %>?Matriz=campo1_1,campo2_1,campo3_1|campo1_2,camp o2_2,campo3_2">pasar array</a>
<br>
<br>
<%
Dim Matriz, Campos, i, Registros, j
Matriz = Request("Matriz")
Registros = Split(Matriz,"|")
For i = 0 to UBound(Registros)
Response.Write "<br>Registro " & i & ":<br>"
Campos = Split(Registros(i), ",")
For j = 0 to UBound(Campos)
Response.Write Campos(j) & " - "
Next
Next
%>
Si el largo SI es un problema, tratá de pasarlas mediante el submit de un form en POST