En windows 2000 no hay la utilidad msconfig aunque se puede copiar la del XP en la carpeta system32 del windows 2000 para poder usarlo (o desde cualquier otra carpeta)
Intenta ver el contenido del archivo boot.ini:
Abre una ventana del explorador de archivos.
En uno de los menús (Herramientas o Ver) acceder a Opciones de carpeta.
Buscar casilla mostrar archivos ocultos y del sistema.
Aceptar.
Buscar en las particiones el archivo boot.ini para editarlo (puede ser que antes de abrirlo tengas que clicar con el botón derecho > Propiedades y desmarcar la casilla de solo lectura)
un ejemplo de archivo boot.ini (Si ves la palabra WINDOWS con la S separada de WINDOW no hagas caso, es un espacio que no debe ir entremedio, problema del editor para publicar el mensaje. Lo mismo con Microsoft):
Cita: [boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOW S
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Micro soft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect /noguiboot
Modificar el archivo según sea necesario.
Si tu windows 2000 está en la primera partición:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Micro soft Windows 2000"
Si windows xp está en la segunda partición
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Micro soft Windows XP"
Si no encuentras el boot.ini puedes usar el buscador de windows o instalar algún gestor de archivos (TotalCommander) que te permita ver los archivos ocultos.