prototype es el mecanismo de herencia en javascript. este objeto se define en todas las funciones donde las instancias a partir de dicha funcion heredan cualquier propiedad o metodo que se define en el objeto prototype.
http://www.packtpub.com/article/usin...-in-javascript
lamento no tenerte un enlace en espa~nol, no encuentro al menos uno que explique bien lo que es y como se utiliza. ahora bien, no confundas prototype con la libreria (framework) prototype. son dos cosas diferentes.