de hecho es un poco más "complicado". Si haces eso, lo que va a pasar es que se va a activar la función una vez cuando haya pasado un segundo. Pero un segundo de que? Bueno, todo depende de si le asignas ese setTimeout a un evento, por ejemplo onload, o si el código está en lina así como lo has puesto.
Ahora, si la idea es que el el contador empiece después de que el flash se ha cargado, entonces no puedes asignar el setTimeout al onload de window. No tiene caso, para el momento en que window accione su onload, puede ser que el flash siga cargando. Lo mejor sería hacer la llamada a la función de Javascript desde flash. Para eso necesitas usar
external Interface.
Creo que una vez que hayas leido un poco la documentación sobre external interface se te aclarará un poco más el panorama, pero si no es así y sigues con dudas. Regresa y acá andamos.