javascript no puede cerrar ventanas que no ha abierto. existe una alternativa donde asignas el objeto window a la propiedad opener
Código:
opener = self;
opener.close();
en todo caso, la alternativa
solamente funciona en navegadores msie aunque me parece que desde la version 7 ya no es posible. otros navegadores, como Fx, no permite cerrar la ventana porque la ventana no fue explicitamente abierta con javascript.