Si lo unico que quieres es que el .exe se ejecute en modo silencioso con la funciones que tu configurate en el programa. Yo sé como hacerlo:
Solo tienes que ejecutarlo como un "Servicio de Windows" aqui te dice como:
(No enlace por motivo de spam)
Bueh! no me deja poner enlaces, si aun te interesa agregame a msn o mandame un mensaje a mi correo
[email protected] (Se puede agregar en el msn)
Yo tambien tuve esa duda hace unos dias. :)