Yo te recimiendo que uses el InstallShiedl, es verdad que los instaladores de este son muy pesados... (grandes) pero la sencilles con que se logran crear los instaladores es muy buena.
Con el installshield puedes usar los MERGEMODULES que son unos packs precompilados para instalar tus aplicaciones externas. por defecto ya viene uno para SQL SERVER 2000, msde y 2005 expres.. si no mal recuerdo.
Tambien por ahi me encontre algunos para Firebird .. .pero no recuerdo ninguno para mysql..
de todas formas te dejo unas ligas que podrian darte algunas ideas.
Instalando MySQL con InstallShield
InstallShield Silent Install of MySQL Server
*** Moderado ***