Hola
En Unix es diferente.
1° Al archivo .pl hay que marcarlo como executable
chmod 755 holamundo.pl
2° En la primer linea del archivo tiene que estar la ruta completa al Perl
#!/usr/bin/perl
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print "Hola, Mundo!\n";
3° Si lo ejecutas desde el mismo directorio en que está el archivo debes invocarlo ./ y NO se pone "path/perl archivo.pl", sinó:
./holamundo.pl
Suerte
