como hacerle una pausa a la aplicacion

[lobo_php]

compaz,
tengo un problema, y es que tengo un archivo y deseo hacer una operacion sobre el, para hacerla tengo que crear un .bat y poder ejecutarlo, luego de ejecutar ese bat necesito cambiarlo de ruta, es decir, el archivo esta en:
c:\carpeta

y luego de ejecutar el .bat necesito quitarlo de ahi y ponerlo en c:\carpeta\subcarpeta

el problema esta cuando hago el .bat, no se ha ejecutado aun cuando ya se han pasado los archivos a la otra carpeta, hay una opcion para hacer que primero se ejecute el .bat, y cuando ya se haya ejecutado, que se ejecute la otra accion?

probe haciendo un try-catch-finally pero tampoco funciono:

Código java:

try{
            pr = Runtime.getRuntime().exec(comando);
            System.out.println(comando);
        }catch(Exception ex){
            System.out.println("Ha ocurrido un error al ejecutar el comando. Error: "+ex);
        }
        finally{
            //crear backup
            File hacer_back = new File(ruta+"\\"+fichero);
            File poner_back = new File(ruta+"\\backup\\"+fichero);
            hacer_back.renameTo(poner_back);
        }