Problemas en la configuración del proyecto web

[MrRipley]

Tengo un proyecto ubicado en una ruta de la unidad "D". En las opciones de configuración del proyecto, está indicada la opción "Usar servidor Web de IIS", y apunta una ruta virtual del localhost. Si esa ruta la compruebo directamente en el IIS (porque el directorio virtual ya lo tengo creado), me apunta correctamente a la carpeta de la unidad D en que está ubicada la aplicación.
Sin embargo, cuando intento mapear una ruta usando HttpContext.Current.Server.MapPath, la ruta que devuelve apunta a "c:\inetpub\wwwroot\", donde no están los ficheros, ni la dll, ni nada...
¿Hay alguna opción de configuración que se me haya escapado?
Es un problema que no me da sólo a mi, sino a todos los programadores de mi grupo.
Mi versión de .Net es la 2005.