Bueno de que funciona si; pero en general no es lo ideal te digo por qué, en un IIS puedes tener varios sitios funcionando ej. unos en el puerto 80, 81, 82 o cualquiera supongamos que tenemos 5 cada unos de los sitios tienen sus propiedades en cuanto a tiempos de respuesta, seguridad, administración, usuarios, filtros, modos de mostrar los errores, extenciones etc.
Sin embargo creando solo carpetas en un solo site, estaria dependiendo de una sola configuración para todas mis carpetas que quizas no séa lo que quiero.
Bueno en sí, como dijiste funciona pero debieramos considerar estos aspectos y ademas que todo va acorde a lo que uno requiere. Sin con esa solución vas conforme entonces va bién
. SALU2
Cita:
Iniciado por lair 
es realmente lo mismo, lo que tu dices es como si fuera un servidor independiente al cambiarle el puerto, encambio lo que yo hago es como tener un solo dominio con subdominios de este.
pero en fin si funciona yo considero que esta bien, no se los demas que piensen, pero para mi es bueno