Quizas no sea tu mejor solucion, pero con flex podrias hacer eso que dices sin tener que hacer dos versiones del mismo programa. Es decir una version para web (flash) y una para escritorio (Air). Claro que debe haber muchas soluciones mas, pero solo te comento mi experiencia ya que de esta manera no tendrias problemas si el cliente migra su pc de windows xp a vista por ejemplo, inclusive si migra a linux o mac.
Para que te des una mejor empapada de lo que te digo te recomiendo
este video de introduccion.
Solo te comento esto para dejarte el gusanito de la curiosidad, que en su momento me hizo inclinarme por flex.