A que directorios te refieres a los de instalación? o a los directorios con los que vas a trabajar?
te recomendaria:
Debian (Si eres bueno en el mundo de "linux" si no puedes quedarte con ubuntu no ahi problema)
WxGlade (Es como glade pero este trabaja con wxpython, lo que significa interfaz grafica altamente portable)
Neatbeans 6.7?? (Para que planeas usar Neatbeans, exactamente? como
IDE?
SVN (Mejor usa
Git, "Los amigos no dejan que los amigos usen svn".
Cualquier otra duda, trata de plantearla lo mejor posible, para que podamos responderte adecuadamente.