Gracias por responder.Lo que quiero  es llamar en el domready a una funcion , pero sin editar el el js de cada fichero para agregar la llamada a la funcion, y solo colocar
<script src="....
y que funcione como un include en PHP, ya que no siempre el fichero va a agregarla en el domready por un determinado control que debo aplicar. Y no quiero tener que escribir con el lenguaje del lado servidor(PHP) algo como: 
Código:
 <?php if(condicion1) { ?>
<script ...>window.addEvent('domready', ....
<?php  elseif(condicion2) { ?>
<script ...>window.addEvent('domready', ....<?php ... ?>
  o con php tener que declarar una var en javascript para el control y eso. 
lo que quiero es que el window.addEvent('domready'.. este en un fichero js aparte y no en la misma pagina. 
P.D.: Obviamente el control que hago, es solo para conseguir que el usuario tenga una mas grata experiencia, ya que el verdadero control lo ejecuta el lenguaje del lado servidor.