Hola y bienvenido al foro, como mencionas deberás guardar la info en una base de datos y generar los emails, pdfs, páginas html de manera dinámica, no se tiene que grabar ningún html, lo que puedes tener son "templates" de manera que cambies los datos de acuerdo a lo que tienes grabado en tu base.
De todos modos, trata de buscar información sobre scripts generadores de cotizaciones o de facturación, hay muchos de ellos que te pueden servir de guía para lo que necesitas.
