Orden de archivos en compresión

[beetle]

Hola,

tengo una duda acerca del proceso de 'minify' archivos Javascript.
Estoy desarrollando en diferentes archivos, y ahora quiero 'suturarlos' en un solo archivo y comprimirlo (hacer un minify del código).

La cuestión es el orden de los archivos, tal y como me sucede cuando los declaro en el documento HTML. Tengo archivos Javascript que hacen las veces de archivos de configuración, así como archivos que modelan clases, y como tienen que ser usados por otros archivos Javascript, los tengo que incluir antes, si no la web falla.

Ahora quiero 'automatizar' el proceso de suturar y comprimirlos con un script. Pero claro, la automatización es algo 'cutre', ya que no puedo coger todos los archivos Javascript del directorio y hacer un merge, ya que debe seguir un orden específico.

Mi pregunta en general es, ¿suelen darse a menudo este tipo de problemas con el roden de diferentes Javascripts? ¿Tienen alguna solución particular?

Muchas gracias.