Copiar archivos de MySQL

[boluart]

con MySQLDump puedes generar el script de la toda la base de datos, por tablas, procedures, vistas , etc, etc , etc , con opciones de sobreescribir, si existe o si no existe, o de solo generar el script de la estructura de las tablas y no de los registros, todo depende de las necesidades, pero si se te hace muy complicado mejor generate el script a mano seria mas eficiente(desde mi punto de vista) ya que por lo que entendi quieres solo hacer ciertas modificaciones a ciertas tablas, en este caso lo mejor seria hacerlo a mano
Por otro lado respondiendo a la pregunta inicial con: Shell ("sc start mysql") basta para iniciar el servicio, de todo modos prueba poniendo un sleep de un par de segundos luego de terminar de copiar y antes de iniciar el servicio.