Después de googlear un rato, surgieron algunas posibilidades:
1. Un bug de la versión de MySQL que afecta uno de los archivos fuentes (sql_delete.cc), por lo que para reparar la situación
habría que modificar el archivo y recompilar el motor de MySQL. Sólo apto para quienes quieren meterse a programar el kernel de MySQL.
2. Un error por un valor indebido en una variable de sistema que afecta la creación de tablas temporales, o bien el uso de borrados con TRUNCATE. En estos casos es una falla de sicronía de procesos y la creación de la tabla queda incompleta.
3. Un bug en el proceso de backups on-line. Deja las tablas incompletas.
4. Acceso no controlado por dos o más scripts a los recursos de as tablas, generando un conflicto y caida del server.
En la mayor parte de los posts consultados las soluciones van entre reparar las tablas y controlar las ejecuciones de scripts PHP.
Podrías dar mas datos acerca del server de mysql, webserver, y concurrencia de procesos?