Si te entendí, esto te puede servir:
Código sql:
Ver originalSELECT *FROM (
(SELECT *FROM (SELECT *FROM tabla1 LIMIT 3)t1 ORDER BY rand())
UNION ALL
(SELECT *FROM (SELECT *FROM tabla2 LIMIT 3)t2 ORDER BY rand()))t2
ORDER BY rand() LIMIT 3;
De tabla1 selecciona los primeros 3, luego los pone random. Lo mismo se hace con tabla2. Con el resultado de ambas, se crea t3 que es la union de ambas y vuelve y se aplica el mismo procedimiento.
saludos