solo tu sabras que tienes mal, pero el siguiente ejemplo me funciona en cualquier navegador.
Código:
<script>
function confirmDel()
{
var r = false;
var agree=confirm("¿Realmente desea eliminarlo? Si elimina el grupo se eliminarán todos los enlaces asociados.");
if (agree) r = true ;
else r = false ;
return r;
}
</script>
<form onsubmit="return confirmDel();">
<input name="eliminarCategoria" type="submit" class="style35" id="eliminarCategoria" value="Eliminar categoría" />
</form>