Encontre mi error, lo qe estaba mal, pesimamente mal era el atributo nombre qe es ventana1, eso hacia qe siempre se recargue en la ventana1 asi qe recurri cambiar el nombre.
ANTES
Código PHP:
$javascript='window.open("emergente.php?var='.$codigo.'" '., "ventana1" ,
DESPUES(La variable codigo siempre es distinta dentro del ciclo)
Código PHP:
$javascript="window.open('emergente.php?var=".$codigo."' ".", 'ventana".$codigo."' , 'width=600,height=300,scrollbars=NO , resizable,Scrollbars=YES') ";
Gracias por la ayuda, me parecia que iba en javascript aunqe al script en javascript sea resultado de un script en php.