Puede ser que alguna de las páginas visitadas estuviera infectada.
Al acceder a algunas páginas pueden aprovechar vulnerabilidades de los navegadores, de complementos como flash, java, pdfs, etc.
También por mail o por messenger, abrir archivos con doble extensión (ejemplo. imagen.jpg.exe)
Una manera de protegerse, si utilizas firefox es usar el complemento NoScript.
Otro método es navegar por Internet usando el navegador dentro de un entorno aislado, este espacio aislado se conoce como
sandbox. Uno de los programas sandbox más conocidos es
Sandboxie
Si utilizas windows xp, es recomendable no usar la cuenta de administrador para todo (usar la cuenta de administrador para administrar, instalar programas... pero para uso diario utilizar una cuenta de usuario limitado)
Mantener los programas actualizados (para resolver vulnerabilidades existentes)
Descargar programas de la página oficial o de sitios confiables.
Al instalar un programa fijarse en qué instala (hay programas que instalan barras de herramientas adicionales...)
etc.