Ya que la segunda parte de tu mensaje se me hace dificil de contestar, voy con la primera:
setTimeOut tiene dos parámetro. En el primero le pones un string con el nombre de una función y como segundo parámetro le pones el número de milisegundos transcurridos los cuales se ejecutará la función.
Para lo que necesitas, sería algo asi:
Código PHP:
var x = posicion_inicial_en_x;
var y = posicion_inicial_en_y;
function muevete(){
...
settimeout("muevete", 1000);
}
settimeout("muevete", 1000);
Saludos