Puedes tener ftp, correos y demas de forma independiente, pero tener un htacces con una redirección 301.
Ten en cuenta que el htacces con redirección 301 tan solo afecta el servidor web, no al servidor de ftp o de correo.
También existe la posibilidad de crear una redirección 301 mediante programación ya sea ASP o PHP. De tal forma que en PHP quedaría asi:
<?
Header( “HTTP/1.1 301 Moved Permanently” );
Header( “Location:
http://www.nueva-direccion.com” );
?>