Hola,
Aunque es mi concepto personal, a ver si mi respuesta vale la pena
:
Posiblemente ...
El problema no creo que sea de eliminar un registro y que quede un hueco disponible, puesto que eso puede suceder inclusive sin usar auto-numéricos; y si deseo ingresar datos en espacios previamente vacíos desordenadamente ... ¿entoces para que los numeré previamente?; es decir, si voy por el numero 1001 y el 2 está vacío, y lo inserto en ese lugar ... ¿de qué me sirvió la numeración?. (Hay que recordar que en una tabla de movimientos no es obligatoria la llave primaria).
El principal posible problema es de concurrencia (como mencionaba alguien anteriormente), es decir, cuando muchos usuarios usan la misma base de datos, puesto que el número 2 que fue 'entregado' a una conexión, posiblemente no sea usado y por lo tanto va a crear un hueco.
Técnicamente ese hueco vendría siendo problemático al momento de usarlo, por ejemplo, con una documentación impresa previamente numerada.
Pero el verdadero problema no es de los auto-numéricos, es de programación y/o malas herramientas de programación, así se puede ver que es un problema sumamente frecuente en sistemas como Microsoft Access (donde el solo hecho de presionar el botón 'Nuevo registro' automáticamente reserva un auto-numerico, inclusive si cancelo posteriormente la operación).
En un excelente diseño de programación, con buenas herramientas, un registro de la base de datos nunca debe ser eliminado, debe quedar un registro permanente por motivos de auditoría y seguridad (solamente se debe marcar como 'anulado'). Si un registro se puede 'eliminar' entonces no era tan importante su numeración.
Pero esa es solamente mi opinión,
Saludos,