Tendrías que iterar con un doble for...
for(int i=0; i<arrayDeArrays.lenght (//o número de elementos si tienes problemas con los null), i++) {
for (int j=0; j<arrayDeArrays[i].lenght (//o igual al número de elementos contenidos en el array interno, véase nelementosj, si es diferente para cada uno de los subarrays...), j++) {
//Hacer las operaciones que desees
}
}
Ah bueno, con iterator no suelo usarlos, pero supongo que para el de alto nivel tienes que definir un iterator y decirle while it.hasNext() ... definir un iterator nuevo para cada uno de los subelementos y trabajar con ellos.
Es decir, algo parecido a lo de arriba. Supongo que tendrá sus matices pero ahora no puedo ponerme a probar.