Tengo que hacer una aplicacion y no se por donde empezar

[Grobix]

Muy buenas;
Os comento mi problema, tengo que hacer una aplicacion en Unix; la aplicacion irá en un PC que estara de server FTP, y lo que tiene que hacer esa aplicacion es que automaticamente cuando recibe un archivo ejecute unos comandos (un make solo) y la verdad que en unix estoy un poco liadillo.
¿Podríais decirme algo de por donde empiezo?, en que lenguaje de programacion tengo que hacerlo (el que mas controlo es java), no se como detectar que ha llegado el archivo por ftp ni como ejecutar los comandos.

Muchas gracias se que es mucho pedir pero espero que me podais ayudar.