Hola,
Creo que el programa mas usado para facilitar el proceso de compilación de los
servlets es Ant.
http://ant.apache.org/
Ant viene en NetBeans y es la herramienta que usa para compilar los servlets.
Ahora bien ... el compilador de servlets al final es javac. Ant es un sistema para facilitar el proceso de compilar todo un árbol de carpetas (package) al estilo makefiles.
Saludos,
ps:
Pre-compilar los archivos JSP es otra cosa.