Prueba esto, pero no te recomiendo que lo hagas así.
Código PHP:
$ncont=0;
$ncont++;
$archivo = 'ncont.php';
$fp = fopen($archivo, "w");
$string = '<?php $numcont='.$ncont.'; ?>';
$write = fputs($fp, $string);
fclose($fp);
Mi propuesta es que en el fichero solo guardes el número del contador y luego desde otro script leas ese fichero para recuperar el número.
Saludos!