Si, el problema es que javascript es de lado cliente.
Pero solo debes con lenguage del lado servidor leer la hora del servidor en el momento de cargar la pagina (sea con php o jsp) y a partir de esa hora incrementar segundos ya en javascript...
Código php:
Ver original<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
var ahora=
<?php echo time(); ?>
/*bucle para incrementar "ahora" cada segundo*/
document.getElementById("mostrarhora").innerHTML=ahora;
/*fin bucle*/
</script>
Del maual de php
Cita: int time ( void )
Returns the current time measured in the number of seconds since the Unix Epoch (January 1 1970 00:00:00 GMT).
Podrias cambiar el php por jsp o asp, la idea es pasar a javascript la hora inicial y luego incrementarla sin volver a hacer consultas al servidor... debes tener en cuenta en que formato lees esa hora inicial y convertirla al formato de fecha de javascript.
Quim