Wenas
Pues a traves de la clase File tal y como estas haciendo.
Código:
APLI_HOME = System.getProperty("oracle.j2ee.home");
FILE_SEPARATOR = System.getProperty("file.separator");
RUTA_TMP = APLI_HOME + FILE_SEPARATOR + "tmp" + FILE_SEPARATOR;
File fichero = new File(RUTA_TMP,"grafico.txt");
Yo trabajo con servidor oracle asi que mi variable oracle.j2ee.home me devuelve la ruta fisica donde esta mi aplicacion. A esa ruta le añado la carpeta tmp y dentro guardo el fichero.
Saludos.