Hola,
prueba de esta manera :
Código PHP:
SELECT
patologia.IdPatologia,
COUNT(detalleatencion.PATOLOGIA_IdPatologia)
FROM detalleatencion,
mascota, patologia
WHERE patologia.IdPatologia = detalleatencion.PATOLOGIA_IdPatologia AND
detalleatencion.MASCOTA_IdMascota = mascota.IdMascota AND detalleatencion.FechaDetalle
BETWEEN '$fecha1' AND '$fecha2'
GROUP BY detalleatencion.PATOLOGIA_IdPatologia
ORDER BY detalleatencion.PATOLOGIA_IdPatologia
Saludos ...