si y no. me explico. no en el sentido de que las variables en la URL no pasan a ser variables en javascript. pero si lo puedes hacer leyendo la ruta del archivo y extraer los valores. para ello necesitas tomar la referencia del elemento script y leer la propiedad src. por ejemplo,
Código:
<script type="text/javascript" src="archivo.js?modo=1" id="modojs"></script>
//y dentro del script;
var query = document.getElementById("modojs").src.match(/\?.*$/);
if(query) self[query.split("=")[0]] = query.split("=")[1]);
// el resto de tu codigo;
// como prueba;
if(modo)alert(modo);
sin embargo, notese que los valores extraidos de las URLs siempre son tipo string.