Encontré la solución a mi problema con el /etc/crontab de Linux, está buenísimo, eso era todo lo que necesitaba, pero lo voy a detallar en el foro de linux, acá dejo el link por si alguien quiere correr un programa en java programado como una tarea en linux para un momento especifico o que se repita cada cierto tiempo definido por el usuario linux.
http://www.todo-linux.com/modules.ph...ticle&sid=2167
se programa el comando: java -jar nombre_programa_java.jar
Saludos!