Solución: no me di cuenta de lo siguiente
Código:
DELETE FROM `precios` WHERE `codprove`='1' AND `Base`=( SELECT `Base` FROM `base` WHERE `dato`='xxx') AND `Precio`='1.3' AND `Presentacion`='kg'
yo estaba colocando
`Base`='(... por lo que lo toma como valor en vez como operación. por eso al quitar las comillas funciona bien.