Creo que lo mejor en ese caso es utilizar un sistema ACL (Listas de Control de Acceso).
Cita: Un ACL es una herramienta, integrada dentro de otra, que permite controlar el acceso de los distintos usuarios a los objetos de los que se compone la aplicación: archivos, carpetas, funcionalidades, información... Normalmente, estas herramientas trabajan con 3 tipos de objetos: usuarios, grupos de usuarios y lugares de acceso. El sistema de permisos se basa en permitir o denegar el acceso a las partes de la aplicación a los usuarios individuales o clasificados en grupos.
Los accesos de usuarios quedarian administrados por el ACL generando independencia entre sistemas utilizando el mismo grupo de usuario.
Puedes utilizar una libreria de clases ya creada como:
phpgacl.sourceforge.net
O puedes aprender a crear uno desde cero:
net.tutsplus.com/tutorials/php/a-better-login-system
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