Personalmente no me gusta dar una respuesta de tipo "cámbiate de X" siendo X el SO, el servidor, el lenguaje de programación, o la marca de calzoncillos.
Creo que mejor deberíamos apuntar a solucionar o a dar un comentario sobre el por qué del problema, y de su raíz. Si el problema raíz es lo suficientemente grande como para cambiar de SO, pues se hace. En caso contrario, se hace funcionar arreglando lo que se deba arreglar, y listo.
Ten en cuenta que no siempre se puede cambiar, en este caso el problema es la falta de un módulo requerido en IIS, pero ¿qué sucede si el servidor pertenece a la empresa y no hay un administrador Linux disponible? ¿Sabes cuál sería la respuesta de un encargado de sistemas responsable?
"Bueno, entonces usamos .NET y algún otro CMS, ya que Joomla no sirve"
La alternativa sería poner un servidor unix que quizás no esté administrado correctamente y quede con mal rendimiento o incluso inseguro.
Cada uno debe trabajar con lo que maneje mejor, y la plataforma Windows+IIS está soportada por PHP. No es lo mismo Windows+IIS administrado de forma profesional, que un Linux instalado medio así a como quede porque "el joomla lo pide", te aseguro que los problemas a largo plazo serán aún mayores si el sitio tiene algo que valga la pena atacar. Además tampoco sabemos si este Joomla no debe funcionar codo a codo con algún sistema hecho en .NET, o si el sitio tiene algún CGI funcionando.
En última instancia, si es por recomendar lo mejor, seguramente alguien podría recomendar FreeBSD+Cherokee, o OpenSolaris+ligthhttpd. Opciones que funcionen bien no faltan
Saludos.