honestamente no comprendo tu duda. entiendo la explicacion de como estan dispuesto los checkboxes, pero no entiendo tu duda. ¿te refiere a que los datos no te llegan al servidor? si es el caso sera porque los campos no estan dentro de la etiqueta form. para que los datos de un formulario se envie tiene que cumplir con dos condiciones: el formulario debe tener un action y los campos deben tener un valor asignado en el atributo name.
o lo otro que puede estar sucediendo, y espero que este no sea tu caso, tienes un form por columna. es decir, en cada columna
englobas los checkboxes con un <form>. lo cierto es que no es la forma correcta porque cada form se considera unico y este envia los datos que les pertenece a si mismo. lo correcto es englobar todos los campos en un solo form.
Código:
<form>
la tabla aqui dentro con los campos
</form>