en si, necesitas tomarte un respiro y leer alguna referencia, de cualquier lenguaje!!
la esencia de una función es esa: I/O, entrada y salida... no mas...
la función toma los argumentos como entrada, de modo que que los procesa y devuelve algún tipo de salida....
por loǵica dicho argumento copia el valor de la entrada, osea que "
la función sabe automáticamente que debe copiar el valor de $a en la variable $bar" y por decirlo así, eso es absoluto....
creo que no te debes preocupar en si el lenguaje es capaz de hacer algo que ni tu puedes comprender, esa es su naturaleza y tú deberías saberla...
te invito a leer alguna referencia de lenguajes en general, ya que esto nada tiene que ver con PHP... en si, es un problema meramente conceptual... ;)
te sugiero leer lo siguiente:
http://php.net/manual/en/language.functions.php