Lo que puedes hacer es lo siguiente:
<form name=formulario>
<input type=checkbox name=caja
[] value=1>
</form>
Y después con Javascript
:
Código Javascript
:
Ver originaldocument.formulario.caja[x].checked
Así sabrás si está seleccionado o no. Luego eso lo deberás mandar por ejemplo con ajax a la página php, y luego si quieres puedes actualizar la lista sin que se recargue la página.
Es eso lo que querías hacer?